Anak sulung dari Lee Chin Koon dan Chua Jim Neo, lahir di 92 Kampong Java Road, Singapura, pada 16 September 1923. Lee sangat kuat dipengaruhi oleh kebudayaan Inggris, karena peran kakeknya, Lee Hoon Leong. Lee menikah dengan Kwa Geok Choo pada 30 September 1950, dan dikaruniai dua anak lelaki dan satu anak perempuan.
Lee bersekolah di Telok Kurau Primary School, Raffles Institution, dan Raffles College. Pendidikan universitasnya tertunda Perang Dunia II dan pendudukan Jepang di Singapura pada 1942-1945. Setelah perang, dia masuk ke London School of Economics lalu Fitzwilliam College, Cambridge University, belajar hukum, lulus dengan Double Starred First Class Honours. Dia kembali ke Singapura pada 1949 dan berpraktek sebagai pengacara di Laycock and Ong.
Pada 12 November 1954, Lee mendirikan People’s Action Party (PAP) yang beraliansi strategis dengan serikat-serikat buruh pro-komunis. Deklarasi PAP di Victoria Memorial Hall dihadiri lebih dari 1.500 pendukung dan serikat-serikat buruh. Lee menjadi sekretaris jenderal, jabatan yang dipangkunya hingga 1992. Posisi Lee di PAP terancam ketika pada 1957 kelompok pro-komunis mengambil alih pos-pos pemimpin. Mujurlah bagi Lee karena Menteri kepala Lim Yew Hock memerintahkan penahanan massal terhadap kelompok pro-komunis.
Dalam pemilu nasional pada 1 Juni 1959, PAP memenangkan 43 dari 51 kursi di dewan legislatif. Lee menjadi Perdana Menteri Singapura pertama pada 5 Juni 1959, karena sejak saat itu Singapura berhak membentuk pemerintahan sendiri dengan otonomi di segala bidang, kecuali pertahananan dan politik luar negeri.
Ketika Perdana Menteri Malaysia Tunku Abdul Rahman mengusulkan pembentukan federasi yang memasukkan Malaysia, Singapura, Sabah dan Sarawak pada 1961, Lee mendukungnya. Pada 16 September 1963, Singapura menjadi bagian dari Federasi Malaysia. Namun penggabungan ini tak berlangsung lama. Pemerintah Malaysia, yang dipimpin oleh United Malays National Organisation (UMNO), menjadi khawatir terhadap masuknya mayoritas Cina Singapura dan PAP dalam politik Malaysia. Hubungan PAP-UMNO kemudian menjadi tegang.
Sebagai negara merdeka, Singapura masuk PBB pada 21 September 1965 dan mendirikan Association of Southeast Asian Nations (ASEAN) pada 8 Agustus 1967 bersama empat negara Asia Tenggara lainnya. Lee juga mengadakan kunjungan resmi pertama ke Indonesia pada 25 Mei 1973.
Setelah memimpin PAP memenangkan tujuh pemilu, Lee berhenti jadi PM pada 28 November 1990. Goh Chok Tong naik menjadi PM, dan Lee tetap berada dalam kabinet sebagai Menteri Senior yang berfungsi sebagai penasihat. Pada 12 Agustus 2004 Goh Chok Tong berhenti menjadi PM dan digantikan oleh putra pertama Lee, Lee Hsien Loong. Goh menjadi Menteri Senior dan Lee Kuan Yew menjadi Menteri Mentor.
Selama tiga dekade pemerintahan Lee Kuan Yew, Singapura tumbuh menjadi salah satu negara paling maju di Asia, walaupun jumlah penduduk dan sumberdaya alam dan wilayahnya terbatas. Lee pernah menyatakan bahwa sumberdaya alam Singapura hanyalah penduduk dan etos kerjanya yang kuat.
Lee Kuan Yew menulis dua jilid memoar yaitu The Singapore Story dan From Third World to First: The Singapore Story.